Обитатели Нью-Йоркского зоопарка - лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория - лучшие друзья и звезды шоу животных. Избалованные повышенным вниманием они живут в свое удовольствие. Но когда один из них пропадает, трое оставшихся отправляются на поиски. Воссоединяется вся компания на корабле, отправляющемся на Мадагаскар. Когда друзья высаживаются на берег у них появляется шанс на собственной шкуре убедиться в том каково это - жить на воле. Помочь друзьям не расслабляться берутся неугомонные лемуры и немного чокнутые пингвины, которые постоянно плетут клубок заговоров...